Ni mi jasno zakaj, je to bug ali deluje kot mora, ampak:

Če prek maila v iBooks prenesem nek pdf file, ga normalno odprem, pregledam itd.
Tudi naslednjič ko odprem iBooks, je datoteka tam. Občasno pa se zgodi da vsi pdf-ji izginejo, ter jih moram prenašat na novo.

Zakaj pride do tega, se pri prenosu pdf-ji ne shranijo za stalno?

Probaj na novo naložit aplikacijo. Meni se še to ni zgodilo, je pa res čudno, da se ti to dogaja!

To se ti zbrišejo takrat, ko narediš sinhonizacijo s itunes. Zbrišejo se ti zato, ker jih nimaš obkljukanih v itunes.
Priklopi iphone na itunes in klikni na zavihek books in tam klikni sync books.

Se je meni tudi to dogajalo, dokler nisem poštekal v čem je problem.

A tako, hvala za odgovor, končno (upam) problem rešen.